国家赔偿案件适用诉讼时效的规定，根据《国家赔偿法》第三十九条的规定，赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，自其知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算，但被羁押等限制人身自由期间不计算在内。在申请行政复议或者提起行政诉讼时一并提出赔偿请求的，适用行政复议法、行政诉讼法有关时效的规定。
赔偿请求人在赔偿请求时效的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，时效中止。从中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期间继续计算。
二、证据不足不起诉可以申请国家赔偿吗?
如果采取了超时限的拘留措施或者采取了逮捕的强制措施，证据不足不起诉的，可以请求国家赔偿。
根据《国家赔偿法》第十七条 行使侦查、检察、审判职权的机关以及看守所、监狱管理机关及其工作人员在行使职权时有下列侵犯人身权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：
(一)违反刑事诉讼法的规定对公民采取拘留措施的，或者依照刑事诉讼法规定的条件和程序对公民采取拘留措施，但是拘留时间超过刑事诉讼法规定的时限，其后决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的;
(二)对公民采取逮捕措施后，决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的;
(三)依照审判监督程序再审改判无罪，原判刑罚已经执行的;
(四)严刑逼供或者以殴打、虐待等行为或者唆使、放纵他人以殴打、虐待等行为造成公民身体伤害或者死亡的;
(五)违法使用武器、警械造成公民身体伤害或者死亡的。
三、国家赔偿的程序是什么?
国家赔偿法确定了刑事赔偿由人民法院特设的赔偿委员会来处理。但是，无论是行政赔偿，还是刑事赔偿，既然是应赔偿请求人的请求对赔偿争议进行裁决的司法活动，就应当遵守司法程序的一般规则，赔偿的一般程序是：
(1)提出赔偿请求，要求赔偿应当递交申请书，申请书应载明受害人的自然状况、具体的要求、根据和理由;
(2)合议。无论是行政诉讼审判庭，还是赔偿委员会，都采取合议的方式实行少数服从多数的原则审理案件;
(3)作出是否赔偿的裁决。赔偿委员会作出赔偿决定，是发生法律效力的决定，必须执行，行政诉讼中的赔偿判决，则依行政诉讼法规定的程序，当事人有权上诉。
对于证据不足不起诉的，是否要对当事人进行国家赔偿，应当根据其具体情况而定，假如行为人确属无罪，那么对其进行国家赔偿是当然的;但是如果行为人确属有罪，那么一般是不补偿的。任何认为自己可以获得国家赔偿的，最好是在诉讼时效范围内提出。
