（1）刑法处罚
犯本罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役;情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。本法另有规定的，依照规定。
徇私舞弊犯本罪的，处5年以下有期徒刑或者拘役;情节特别严重的，处5年以上10年以下有期徒刑。本法另有规定的，依照规定。
（2）司法认定
1、玩忽职守罪与工作失误的界限
因工作失误往往也会给国家和人民的利益造成重大损失，在这一点上与本罪相同之处。但两者有严格的区别：
(一)客观行为特征不同。工作失误，行为人是认真履行自己的职责义务;而玩忽职守罪则表现为行为人不履行或不正确履行自己的职责义务。
(二)导致发生危害结果的原因不同。工作失误，是由于制度不完善，一些具体政策界限不清，管理上存在弊端，以及由于国家工作人员文化水平不高，业务素质较差，缺乏工作经验，因而计划不周，措施不当，方法不对，以致在积极工作中发生错误，造成国家和人民利益遭受重大损失。而玩忽职守罪，则是违反工作纪律和规章，对工作极端不负责任等行为造成国家和人民利益遭受重大损失。在当前经济改革，对外开放，对内搞活的实践过程中，出现一些失误，造成某些严重的损失是难免的，这主要是总结经验教训的问题，必须与玩忽职守罪严格区别开来。但对于那些在国家法律政策不允许的情况下，借口改革，盲目决策，管理混乱，给国家和人民的利益造成重大损失的，绝不能以工作失误来蒙混过关，逃避罪责。
2、滥用职权与玩忽职守的界限
滥用职权是行为人意识到自己在行使权力，不该用而用，该用而不用，因而超越职权而滥用职权的行为;而玩忽职守则为行为人意识到自己是履行职责，由于各种原因而不履行职责或不认真履行职责。因此，完全的擅离职守不会理解为滥用职权。只有在履行职责的过程中，滥用职权才会与玩忽职守发生竞合，不易区分。关键还是要看行为人的主观态度，即滥用职权者认识到自己是在滥用职权，明知不该用，该用而不用，因此，对危害结果则是采取放任的间接故意;而后者则意识到自己在履行职责，该履行而不履行或不认真地履行，其对危害结果，则是出于过失。有时候，玩忽职守与滥用职权的行为结伴而行，这时要认定其性质，则更要看行为人对危害结果的认识程度，如出于间接故意，则属滥用职权，否则则为玩忽职守。
3、应该正确处理法条竞合关系
刑法除规定了本罪以外，还规定了特殊的玩忽职守罪，如司法工作人员失职致使在押人逃脱的，也是玩忽职守的行为，过去也曾当做玩忽职守罪处理，但由于刑法对该行为作了特别规定，故应严格适用特别法条优于普通法条的原则。
综上所述，玩忽职守罪的量刑标准主要根据犯罪行为人的犯罪情节，犯罪后果严重性，行为人主客观意愿，即是否故意，根据实际情况进行刑期的判定。值得注意的是，玩忽职守罪应于工作失误、滥用职权有效区分，除此之外，应该正确处理法条竞合关系，刑法对该行为作了特别规定。
