处罚依照本条的规定，平时犯擅离、玩忽军事职守罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役;造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑;战时犯本罪的，处五年以上有期徒刑。所谓造成特别严重后果，司法实践中，主要是指贻误重要战机，严重影响部队完成重要任务，造成部队人员重大伤亡，武器装备、军事设施、军用物资或者其他财产严重毁损，发生其他重要损害。
法律依据：《中华人民共和国刑法》
第四百二十五条 擅离、玩忽军事职守罪
指挥人员和值班、值勤人员擅离职守或者玩忽职守，造成严重后果的，处三年以下有期徒刑或者拘役;造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑。
战时犯前款罪的，处五年以上有期徒刑。
