第一，提出的主体不同。自诉是当事人自己或其法定代理人，近亲属提起的诉讼。公诉是检察院依职权主动提起的诉讼。
第二，自诉案件分为三类，告诉才处理的案件，有证据证明的轻微刑事案件，有证据证明应当追究被告刑事责任，而检察机关不予追究。除此之外的刑事案件，均为公诉案件。
【法律依据】
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百六十九条：凡需要提起公诉的案件，一律由人民检察院审查决定。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百一十条：自诉案件包括下列案件：
(一)告诉才处理的案件;
(二)被害人有证据证明的轻微刑事案件;
(三)被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件。
