医疗保险纠纷能否提起行政诉讼，要依据具体的情况而定，如果认为在医疗保险报销方面，社会保险经办部门侵犯了自己合法权益的，可以提起行政诉讼。
《中华人民共和国社会保险法》第八十三条规定：用人单位或者个人认为社会保险费征收机构的行为侵害自己合法权益的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
用人单位或者个人对社会保险经办机构不依法办理社会保险登记、核定社会保险费、支付社会保险待遇、办理社会保险转移接续手续或者侵害其他社会保险权益的行为，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
个人与所在用人单位发生社会保险争议的，可以依法申请调解、仲裁，提起诉讼。用人单位侵害个人社会保险权益的，个人也可以要求社会保险行政部门或者社会保险费征收机构依法处理。
