土地确权纠纷由谁处理

个人之间、个人与单位之间、单位与单位之间发生的争议案件，由争议土地所在地的县级国土资源行政主管部门调查处理。个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，可以根据当事人的申请，由乡级人民政府受理和处理。
设区的市、自治州国土资源行政主管部门调查处理跨县级行政区域的、同级人民政府、上级国土资源行政主管部门交办或者有关部门转送的争议案件。

法律依据：土地权属争议调查处理办法 第五条

 个人之间、个人与单位、单位与单位之间发生的争议案件，由争议土地所在地的县级国土资源行政主管部门调查处理。前款规定的个人之间、个人与单位、单位与单位之间发生的争议案件，可以根据当事人的申请，由乡级人民政府受理和处理。