1、罪与非罪的界限
有无严重后果发生，是本罪与非罪行为的分水岭。如果对计算机信息系统功能进行删除、修改、增加、干扰，造成计算机信息系统不能正常运行，或者对计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据和应用程序进行删除、修改、增加的操作，或者故意制作、传播计算机病毒等破坏性程序，计算机病毒等破坏性程序尚处于潜伏期，虽然可能占用了一定的系统资源，但没有造成严重后果的，均不构成本罪。这就是说，从这种高科技犯罪的特点上考察，本罪不存在预备犯、未遂犯和中止犯三种犯罪未完成形态。因为在没有发生严重后果的情况下，认定行为人主观方面的罪过形式存在一定的难度，容易将技术水平不高或操作失误的行为作为犯罪来处理，可能扩大打击面，同时也不利于计算机技术的普及和我国信息产业的发展。
2、本罪与非法侵入计算机信息系统罪的界限
两者的区别在于：
（1）侵犯的行为对象不同。本罪的行为对象是所有的计算机信息系统;后者局限于国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统。
（2）行为的方式和内容不同。本罪可以在合法使用的或非法侵入的计算机信息系统上实施破坏行为，后者的行为只能是非法侵入，不实施破坏计算机信息系统的行为。
（3）对危害后果要求不同。本罪以后果严重为成立犯罪的必要条件，属于结果犯;后者不要求严重后果发生，属于行为犯。
（4）犯罪动机、目的不同。本罪行为人在主观上具有破坏系统完整性的目的或放任这一危害结果发生的心理状态，而非法侵入计算机信息系统罪的行为人，则并不希望计算机信息系统受到破坏。
（5）本罪具有基本罪和重罪两个构成类型，法定最高刑为十五年有期徒刑;后者是单一的构成类型，法定最高刑为三年有期徒刑。
