无产权房屋转让协议书合法吗

该协议只要是当事人的真实意思表示，且不损害第三人或国家集体的利益的，该协议是合法的。但是由于该房产没有产权，即使双方当事人协商购买了该房产，也不能办理过户手续。
《民法典》第二百零九条  不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。