协议离婚房产公证是有效的。离婚协议公证只是证明双方签定协议的行为真实合法。离婚协议的公证不是离婚协议书生效的必要条件，也不能证明婚姻关系的解除。离婚协议书只要合法、是双方的真实意思表示，经登记机关备案后生效，对双方产生法律约束力。
在一定程度上讲，对离婚协议进行公证是没有必要的。因为离婚协议书以双方离婚为生效要件。即便离婚协议书经过公证，但双方没有办理离婚登记，没有把离婚协议书在民政局备案，这份离婚协议仍然没有生效。双方协议离婚不成，一方在对协议内容反悔的，即使已经办理公证，法院还是会认定离婚协议没有生效。
二、协议离婚的程序是什么?
(一)申请
当事人申请自愿离婚的，必须双方亲自到一方户口所在地的婚姻登记机关申请离婚登记。申请时应出具下列证件：
1、户口簿、身份证;
2、本人结婚证;
3、双方当事人共同签署的离婚协议书。
(二)审查
婚姻登记机关应当对当事人出具的有关材料进行严格审查。审查过程，实际上也是对当事人进行引导、调解和说服的过程，使当事人尽可能地进行慎重考虑。审查的过程，最主要的是对离婚登记当事人出具的证件、证明材料进行审查，并询问相关情况。审查双方当事人对于离婚是否达成一致意见，有无欺诈、胁迫、弄虚作假等违法现象，对子女安排和财产分割是否合理等。当事人应当提供真实情况，不得隐瞒或者欺骗。
(三)登记
婚姻登记机关经过审查后，对当事人确属自愿离婚，并且已经对子女抚养、财产、债务等问题达成一致处理意见的，经过30天冷静期后当事人申请发给离婚证的，应当予以离婚登记，发给离婚证，正式接触双方当事人之间的婚姻关系，其等级的其他事项也同时发生法律效力。
协议离婚是双方通过协商的方式达成一致的自愿解除婚姻关系的情况，双方需要就各项可能出现的问题进行充分的协商达成一致意见之后签署一份离婚协议，并按照相关的流程进行合法的登记。房产公证是有效的，但并不是影响协议离婚的必要条件。
