1、备案的施工合同盖公章还是合同章都可以。
公章在所有印章中具有最高的效力，是法人权利的象征。除法律有特殊规定外(如发票的盖章)，均可以公章代表法人意志，对外签订合同及其他法律文件，具有极高的法律效力，凡是以公司名义发出的信函、公文、合同、介绍信、证明或其他公司材料均可使用公章。
合同专用章，单位对外签订合同时使用，可以在签约的范围内代表单位，单位需承受由此导致的权利义务;在实际工作中，公章可以代替合同专用章使用。
2、相关法律法规：《民法典》
第四百九十条 【合同成立时间】当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
3、从法律上说，公司公章与公司合同专用章在合同签署的效力方面没有差异，公司之所以在公章之外，还另行刻制合同专用章，主要原因如下：
首先是因为公司公章与公司合同专用章在使用与管理上存在区别。第一、二者的管理部门不同。公司合同专用章的管理部门一般为法律部门，公司公章的管理部门一般为公司的综合管理部门。
第二、用途范围及效力不同。公司合同专用章专用于合同的签订，其效力仅限于合同签订。公章则具有代表公司的功能，其效力除了合同的签订以外，还可涉及及于公司一切事务，如文件、通知及证明等，具有行政管理作用。
其次是因为公司的合同工作具有常规性、专业性、使用合同专用章可以实现合同的专项管理，更好地控制合同风险。
综上所述，对于合同签订的时候可以盖公章也可以盖合同章，在法律上都是具有效力的。具体的原因上述也有详细说明，大家可以仔细看看，但是在盖其他章的时候就要注意了，有可能出现合同无效的情况。
