第一，主体资格不同。追索劳动报酬的主体一方是企业或组织，另一方是劳动者个人。劳务合同的主体双方可以同时是法人、组织或者个人。
第二，主体性质及关系不同。追索劳动报酬纠纷的双方主体不仅提供劳务，还需要服从用人单位的管理与安排，遵守用人单位的各项规章制度。劳务合同主体双方仅存在劳务关系，一方提供劳务，一方支付报酬。
第三，调整的法律不同。追索劳动报酬纠纷主要适用《劳动法》和《劳动合同法》规范调整，劳务合同该纠纷案件则适用《侵权责任法》等予以调整。
第四，接受劳务一方的义务不同。追索劳动报酬纠纷案件中，用人单位必须履行的法定义务是为劳动者缴纳相关社会保险，此为法律中的强行性规定，双方对此不得协商、变更，如用人单位不履行上述义务，提供劳务的一方可追究其民事责任和行政责任。劳务行政部门也可以行使行政职权，对相关用人单位作出警告、罚款等行政处分。劳务合同中，接受劳务一方并无此义务，双方对此可自由约定，如果接受劳务一方违约，产生相应的违约或侵权责任。
第五，处理纠纷的方式不同。追索劳动报酬纠纷案件中，双方如对相关费用已经结算，则可直接向人民法院提出诉讼，否则须先到劳动仲裁委员会申请仲裁，劳动仲裁是前置程序，不服仲裁裁决的可以在法定期间内向人民法院提起起诉。而劳务合同纠纷出现后，双方当事人可以协商解决，也可直接向人民法院提起诉讼。
