劳动合同工资低于实际工资本事并没有什么不良影响，劳动合同法规定,只要不低于合同中约定的工资,且不低于当地最低工资标准就不违法。
但是用人单位给劳动者缴纳的社会保险应当按照实际发放工资为基准，如果公司按照劳动合同中工资缴纳社会保险，显然就少交了，这种情形劳动者应该保存实际工资水平的证据，向劳动保障部门举报。
此外劳动合同约定工资低而实际发放工资高，用人单位这样做可能是为了在劳动争议时少承担补偿金。劳动合同是指劳动者与用人单位之间确立劳动关系，明确双方权利和义务的协议。
归纳起来，劳动合同约定工资低于实际发放工资，存在以下三个方面的问题需要劳动者留意：
1.公司这么做是为了在发生劳动争议的时候少支付加班工资或者补偿金等。劳动者的实际工资比劳动合同的工资高，劳动者务必要保存实际工资水平的证据，尤其是现金支付工资，务必保存好工资单。如果有劳动争议，公司往往会按劳动合同主张工资标准。如果劳动者不能证明实际工资水平的，仲裁委会按劳动合同确定工资标准，这样加班工资，补偿金等都会变少。
2.公司应当按照实际工资缴纳社保，如果按劳动合同上的工资缴纳社保，就少缴了，可以去社保局投诉，社保局可以责令公司补缴社保。公司少缴社保，劳动者可以单方解除劳动合同并要求支付经济补偿金。
3.按照《社会保险法》第八十六条，用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令限期缴纳或者补足，并自欠缴之日起，按日加收万分之五的滞纳金;逾期仍不缴纳的，由有关行政部门处欠缴数额一倍以上三倍以下的罚款。劳动合同工资低于实际工资,可以以公司无故拖欠克扣工资为由，被迫辞职并可以要求公司支付经济补偿金。
相关法律依据：
根据《中华人民共和国劳动合同法》 第八十五条 用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
综上所述，劳动合同工资低于实际发放工资，劳动者为了避免产生劳动争议时用人单位以劳动合同约定工资标准支付经济补偿金，需要保存好实际发放工资的证据证明，必要的时候向劳动管理行政部门投诉维权，此外关注用人单位是否足额缴纳社会保险，如果没有足额缴纳社会保险，应当加收滞纳金，劳动者也可以提出解除劳动合同。
